Dimulai pada tahun 1520, Portugis menjajah Timor Leste yang saat itu dinamai Timor Portugues, disusul oleh Jepang dan Belanda yang berusaha menguasai wilayah Timor Leste. Belanda dan Portugal akhirnya membuat Perjanjian Lisbon 20 April 1859, yang mengatur batas-batas wilayah koloni Belanda dan Portugal di Hindia Belanda dan Timor Portugis.

Pada tahun 1974, rezim Estado Novo Portugal tumbang dan berujung pada pendirian partai politik Fretilin. Tujuan terbesar Fretilin yang berhaluan Marxisme adalah memerdekakan Timor Portugues dari penjajahan.

Pada 30 November 1975, Timor Leste merdeka dari jajahan Portugis. Namun hanya selang dua hari, tiga partai politik pesaing Fretilin, yaitu Partai KOTA, UDT, dan APODETI yang prointegrasi Indonesia mendeklarasikan integrasi ke Indonesia. Peristiwa ini dikenal sebagai Deklarasi Balibo.

Deklarasi ini menjadi sebuah legitimasi Pemerintahan Orde Baru di bawah Soeharto yang saat itu menentang keras gerakan komunisme untuk menginvasi Timor Leste di bawah rezim Fretilin yang berhaluan kiri. Operasi ini disebut sebagai Operasi Seroja.

Operasi militer penaklukan Timor Leste ini mendapatkan kecaman dari dunia internasional atas kekerasan yang dilakukan oleh tentara Indonesia. Pada tahun 1976, Timor Leste masuk ke Indonesia sebagai provinsi baru bernama Timor Timur.

Di bawah kepemimpinan B.J Habibie setelah diturunkannya rezim Soeharto, diadakan refrendum pada 30 Agustus 1999 untuk menentukan apakah Timor Timor lepas dari Indonesia atau tidak.

Hasil referendum menyatakan mayoritas rakyat Timor Timur ingin memerdekakan diri dari Indonesia. Terjadi gejolak konflik hingga pasukan penjaga perdamaian PBB untuk Timor Timur (INTERFET) turun tangan. Akhirnya pada 20 Mei 2002, Timor Timur mendapat pengakuan dunia internasional sebagai negara merdeka dengan nama Timor Leste.